A 国土交通省の要請は、あくまでも要請ベースであり、賃借人がこれを根拠に、賃貸人に対して、支払い猶予を強制できるというようなものではありません。また、これは支払いを延ばすという意味での要請であり、減額まで要請しているものではありません。

ただ、支払いの猶予に応じず、賃借人が経済的に破綻してしまった、賃借人が退去してしまったということでも困ると思います。コロナウイルスが問題になっている期間だけのことですから、賃料の支払い猶予をしてあげるというのも一つの方法と思います。
支払い猶予、賃料の減額をする場合の文書ですが、タイトルは、「覚書」でも「合意書」でも、合意した旨の書面であることが分かればそれで構いません。
内容については、
・ 誰と誰の間で(賃貸人と賃借人は誰か)
・ 何の契約について(〇年〇月〇日付の〇〇所在の〇という目的物にかかる賃貸借契約についてなど)
・ どのようにする(〇年〇月分から〇月分までの合計賃料〇円の支払いを猶予し、猶予した賃料は、〇年〇月から〇年〇月の〇ヶ月にわたって、均等分割したものを通常の賃料に上乗せして支払う、月額〇円とする賃料を〇年〇月分まで月額〇円に減額するなど)
という点を明確にしておけばよいと思います。