A 労働基準法26条では、「使用者の責めに帰すべき事由」によって従業員を休業させる場合には、平均賃金の60%の休業手当を支払わななければならないとされています。逆に言えば、「使用者の責めに帰すべき事由」による休業とは言えない場合には、休業手当を支払わなくてよいということですが、これはどのような場合かというと、
①事業の外部より発生した事故である、
②事業主が通常の経営者として最大の注意を尽くしてもなお避けることのできない事故である、
の2つの要件を満たす場合とされています。

ところで、「相談・受診の目安」として公表がされた条件である、
1 息苦しさ(呼吸困難)、強いだるさ(倦怠感)、高熱などの強い症状のいずれかがある、
2 重症化しやすい人(※)で、発熱や咳などの比較的軽い風邪の症状がある、
   ※ 高齢者、糖尿病、心不全、呼吸器疾患などの基礎疾患がある、透析を受けている人、免疫抑制剤や抗がん剤などを用いている人
3 上記以外の人で発熱や咳など比較的軽い風邪の症状が続く、

のどれか一つにあたる場合には、最寄りの保健所などに設置される「帰国者・接触者相談センター」などで相談をさせるべきですが、相談の結果が出るまでの間、業務命令によって休業させても、「使用者の責めに帰すべき事由」による休業とは言えませんから、休業手当を支払わなくてもよいと思います。
相談の結果、就労不能と判断されれば、休業手当なしに休業させることができますし、就労可能と判断されたのにかかわらず休業をさせれば、休業手当を支払う必要が生じます。

また、上記の1、2、3にあたらない程度の風邪の症状、発熱、だるさ・息苦しさがあるという場合は、症状の程度、職場の状況(従業員の数が多いかどうか、従業員1人のスペースが広いかどうかなど)などを勘案し、他の従業員のコロナ感染を防ぐために休業を命じる必要があるという場合は、「使用者の責めに帰すべき事由」による休業とは言えないでしょう。
いずれにしても、上記の「帰国者・接触者相談センター」などで相談をさせた方がよいと思います。